揖斐川の支川 | - 新堀川
- 長良川※
- 大山田川
- 沢北川(東川)
- 流石川
- 三砂川
- 新田川
- 肱江川(大杉谷川・落合川・南谷川・奥南谷川・田代川)
- 多度川(赤沢川・赤谷川・落葉川)
- 福江川
- 大江川(東大江川)
- 中江川
- 帆引川
- 山除川
- 長除川(田鶴川・三切川)
- 津屋川(五三川)
- 大榑川(大榑川放水路)
- 牧田川※
- 平野井川(東平野井川)
- 根尾川(花田川・三水川・管瀬川・府内川・根尾東谷川)
- 桂川(白石川)
- 粕川(高橋谷川・長谷川・表川)
- 飛鳥川
- 高知川
- 日坂川
- 坂内川(白川・大谷川・広瀬浅又川)
- 原谷川
- 白谷川
- 上ノ谷川
- シツ谷川
- 西谷川
- 漆谷川
- 磯谷川
- 鬼生谷川
- 扇谷川
- 西赤谷川
長良川の支川 | - 長島川(新川・長島川放水路)
- 桑原川
- 犀川※
- 境川(新荒田川・岩戸川・岩地川)
- 大江川
- 荒田川(論田川)
- 糸貫川
- 伊自良川※
- 両満川
- 山田川
- 津保川※
- 福富川
- 武儀川(エゴ川・西洞川・日永谷川・出戸川・船越川・神崎川・伊往戸川)
- 余取川
- 板取川(片知川・神洞川・半道川・柿野川・川浦谷川・西ケ洞谷川)
- 粥川
- 亀尾島川
- 吉田川(小駄良川)
- 神路川
- 落部谷川
- 栗巣川(古道川)
- 大間見川(小間見川)
- 牛道川(阿多岐川・板倉川)
- 曽部地川
- 鷲見川
犀川の支川 | - 天王川(中川・天王川放水路)
- 新堀川(高野川・新高野川)
- 五六川(起証田川)
- 宝江川
- 長護寺川
- 政田川
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伊自良川の支川 | - 古根尾川
- 板屋川
- 早田川
- 則武川
- 新堀川
- 正木川
- 鷺山川
- 鳥羽川(天神川・新川・石田川・椎倉川・東川・椿川)
- 城田寺川
- しびり川
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津保川の支川 | - 関川
- 吉田川
- 蜂屋川
- 詰田川
- 川浦川(大洞川・廿屋川・太市川・納古川)
- 小野川
- 志津野川
- 轡野川
- 祖父川川
- 中之保川
- 水成川
- 武儀倉川
- 小那比川
- 少合川
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牧田川の支川 | 杭瀬川の支川 | - 小畑川
- 相川(色目川・大谷川・矢道川・薬師川・泥川・梅谷川・大滝川・岩手川・大栗毛川)
- 菅野川
- 奥川
- 東川
- 中川(深町川)
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可児川の支川 | - 矢戸川
- 横市川
- 久々利川(姫川・大森川・中郷川)
- 瀬田川
- 比衣川
- 真名田川
- 唐沢川
- 平芝川
- 切木川
- 津橋川
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飛騨川の支川 | - 深渡川
- 雄鳥川
- 飯田川
- 水無瀬川
- 尾賀野川
- 神淵川※
- 白川※
- 佐見川(稲田川・小野日陰川)
- 菅田川
- 馬瀬川※
- 門和佐川
- 竹原川(輪川・乗政川・神梨川・般若川・白山川)
- 山之口川(カジヤ谷川)
- 大ケ洞川
- 小坂川(大洞川・兵衛谷川)
- 無数河川
- 八尺川
- 青屋川(九蔵川)
- 秋神川
- 道後谷川
- 塩蔵川
- 黍生川(小長谷川・脇谷川)
- 日和田川(幕岩川)
神淵川の支川 | - 飯高川
- 葛屋川
- 間見川
- 奥田川(八日市川)
- 葉津川
- 杉洞川
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白川の支川 | - 田代沢川
- 黒川(赤川・栃平川・柿反川)
- 洞山川
- 柏本川
- 西洞川
- 佐広川
- 曲坂川
- 大明神川(新巣川)
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馬瀬川の支川 | - 戸川
- 和良川(土京川・鬼谷川・入間川・貢間川)
- 弓掛川
- 小原川
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阿木川の支川 | - 濁川
- 横町川
- 永田川(田違川・定蓮寺川)
- 定蓮寺川
- 飯沼川
- 岩村川(湯壺川・富田川・吉田川・飯羽間川・一色川)
- 野田川
- 久須田川
- 寺川
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付知川の支川 | - 狩宿川(麦搗川)
- 木積沢川
- 松島川
- 長根川
- 柏原川
- 横川
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蘭川の支川 | - 細野沢
- 男埵川
- 押手沢
- 額付川
- 南沢川
- 鍋割川(桂川)
- 長者畑川
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伊那川の支川 | - 浦川
- 越百川
- けさざわ川(福栃沢)
- 東川本谷川
- カナ沢
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王滝川の支川 | - 本洞川
- 西野川(白川・湯川・鹿ノ瀬川・末川・把の沢川・ヒゲ沢川・冷川・西又川)
- 樽沢
- 大又川
- 溝口川
- 鈴ケ沢
- 鯎川(小俣川)
- 濁沢川
- 下黒沢
- 白谷川(枝川)
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