DDX58

DDX58
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

2LWD, 2LWE, 2QFB, 2QFD, 2RMJ, 2YKG, 3LRN, 3LRR, 3NCU, 3OG8, 3ZD6, 3ZD7, 4AY2, 4BPB, 4NQK, 4ON9, 4P4H, 5E3H, 5F98, 5F9F, 5F9H

Ідентифікатори
Символи DDX58, DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 58, RIGI, RLR-1, SGMRT2, RIG-I, DEXD/H-box helicase 58, RIG1
Зовнішні ІД OMIM: 609631 MGI: 2442858 HomoloGene: 32215 GeneCards: DDX58
Онтологія гена
Молекулярна функція

• nucleotide binding
• GO:0008026 helicase activity
• zinc ion binding
• зв'язування з іоном металу
• GO:0001948, GO:0016582 protein binding
• single-stranded RNA binding
• identical protein binding
• RNA binding
• double-stranded RNA binding
• double-stranded DNA binding
• hydrolase activity
• ATP binding
• nucleic acid binding
• ubiquitin protein ligase binding

Клітинна компонента

• цитоплазма
• cell projection
• мембрана
• bicellular tight junction
• клітинна мембрана
• ruffle membrane
• міжклітинні контакти
• actin cytoskeleton
• цитоскелет
• гіалоплазма

Біологічний процес

• regulation of cell migration
• response to exogenous dsRNA
• positive regulation of interferon-alpha production
• процес імунної системи
• response to virus
• cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway in response to virus
• GO:1901313 positive regulation of gene expression
• positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production
• positive regulation of interleukin-8 production
• positive regulation of interleukin-6 production
• negative regulation of type I interferon production
• detection of virus
• GO:0022415 viral process
• вроджений імунітет
• GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
• RIG-I signaling pathway
• regulation of type III interferon production
• positive regulation of defense response to virus by host
• positive regulation of interferon-beta production
• protein deubiquitination
• positive regulation of response to cytokine stimulus
• cellular response to exogenous dsRNA
• defense response to virus
• positive regulation of DNA-binding transcription factor activity
• positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
23586
230073
Ensembl
ENSG00000107201
ENSMUSG00000040296
UniProt
O95786
Q6Q899
RefSeq (мРНК)
NM_014314
NM_172689
RefSeq (білок)
NP_055129
NP_766277
Локус (UCSC) Хр. 9: 32.46 – 32.53 Mb Хр. 4: 40.2 – 40.24 Mb
PubMed search [1] [2]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

DDX58 (англ. DExD/H-box helicase 58) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 9-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 925 амінокислот, а молекулярна маса — 106 600[4].

Послідовність амінокислот
1020304050
MTTEQRRSLQAFQDYIRKTLDPTYILSYMAPWFREEEVQYIQAEKNNKGP
MEAATLFLKFLLELQEEGWFRGFLDALDHAGYSGLYEAIESWDFKKIEKL
EEYRLLLKRLQPEFKTRIIPTDIISDLSECLINQECEEILQICSTKGMMA
GAEKLVECLLRSDKENWPKTLKLALEKERNKFSELWIVEKGIKDVETEDL
EDKMETSDIQIFYQEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSPFKPRNYQLEL
ALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFVSLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQI
PVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIIILTPQI
LVNNLKKGTIPSLSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNYLDQKLGGSSG
PLPQVIGLTASVGVGDAKNTDEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELE
QVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMRDTESLAKRICKDLENLSQIQ
NREFGTQKYEQWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFLYTSHLRKYND
ALIISEHARMKDALDYLKDFFSNVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESV
SRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPETITILFVKTRALVDALKNWIEGN
PKLSFLKPGILTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFKASGDHNILIATSVA
DEGIDIAQCNLVILYEYVGNVIKMIQTRGRGRARGSKCFLLTSNAGVIEK
EQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKILHIQTHEKFIRDSQEKPKPV
PDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKECFVSRPHPKP
KQFSSFEKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATG
VQTLYSKWKDFHFEKIPFDPAEMSK

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як імунітет, вроджений імунітет, взаємодія хазяїн-вірус, противірусний захист, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у клітинній мембрані, цитоплазмі, цитоскелеті, мембрані, клітинних контактах, клітинних відростках, щільних контактах.

Література

  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Cui X.-F., Imaizumi T., Yoshida H., Borden E.C., Satoh K. (2004). Retinoic acid-inducible gene-I is induced by interferon-gamma and regulates the expression of interferon-gamma stimulated gene 15 in MCF-7 cells. Biochem. Cell Biol. 82: 401—405. PMID 15181474 DOI:10.1139/o04-041
  • Seth R.B., Sun L., Ea C.-K., Chen Z.J. (2005). Identification and characterization of MAVS, a mitochondrial antiviral signaling protein that activates NF-kappaB and IRF 3. Cell. 122: 669—682. PMID 16125763 DOI:10.1016/j.cell.2005.08.012
  • Zhao C., Denison C., Huibregtse J.M., Gygi S.P., Krug R.M. (2005). Human ISG15 conjugation targets both IFN-induced and constitutively expressed proteins functioning in diverse cellular pathways. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102: 10200—10205. PMID 16009940 DOI:10.1073/pnas.0504754102
  • Kim M.J., Hwang S.Y., Imaizumi T., Yoo J.Y. (2008). Negative feedback regulation of RIG-I-mediated antiviral signaling by interferon-induced ISG15 conjugation. J. Virol. 82: 1474—1483. PMID 18057259 DOI:10.1128/JVI.01650-07
  • Ishikawa H., Barber G.N. (2008). STING is an endoplasmic reticulum adaptor that facilitates innate immune signalling. Nature. 455: 674—678. PMID 18724357 DOI:10.1038/nature07317

Примітки

  1. ↑ Human PubMed Reference:.
  2. ↑ Mouse PubMed Reference:.
  3. ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:19102 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 8 вересня 2017.
  4. ↑ UniProt, O95786 (англ.) . Архів оригіналу за 24 серпня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 9
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»